Para configurar el "touchscreen" de 7" en ubuntu-mate para la RaspBerry pi 3 es necesario seguir los siguiente pasos:

1.-Para rotar la imagen 90 grados:
-Editar el archivo /boot/config.txt y agregar la linea display_rotate=3.

2.-Para modificar la configuracion y que el "touch" funcione a 90 grados:
-Crear el archivo rotate_touch.sh con el siguiente contenido:
#!/bin/bash
#
#
#
#

xinput set-prop 'FT5406 memory based driver' 'Evdev Axes Swap' 1

xinput --set-prop 'FT5406 memory based driver' 'Evdev Axis Inversion' 1 0

3.- Cambiar los permisos del archivo rotate_touch.sh para que se pueda ejecutar.
4.- Agregar el archivo rotate_touch.sh a las "Startup Applications" para que corra cada vez que arranque la sesion.

Una vez hecho esto solo hay que reiniciar el servidor X o reiniciar la raspberry.